O projeto do Malta National Aquarium abrange aproximadamente 20.000 metros quadrados e inclui um aquário público, um mirante paisagístico público no nível da orla, um estacionamento de vários andares, instalações para escolas locais de mergulho, serviços de alimentação, incluindo um beach club, uma loja de merchandising e um quiosque de informações turísticas. O aquário público possui 41 tanques, incluindo répteis, insetos e anfíbios, entre outros, peixes do Mediterrâneo, incluindo peixes comumente encontrados nas águas maltesas, juntamente com réplicas de artefatos históricos que podem ser encontrados nos mares ao redor das ilhas maltesas. O tanque principal do aquário abriga espécies do Oceano Índico, incluindo oito tubarões-de-ponta-preta, tubarões-chifrudos, raias, enguias e outras espécies exóticas. O tanque principal tem aproximadamente 12 metros de diâmetro e possui um túnel de passagem que permite aos visitantes experimentar os peixes de muito mais perto. Todos os tanques são tematicamente projetados para replicar o ambiente subaquático.