O que resta hoje do complexo arqueológico de Q´enqo são rochas esculpidas que não puderam ser destruídas pelos espanhóis; resta pouco dos caminhos e aquedutos, assim como dos recintos, dos depósitos ou dos banhos litúrgicos, além da grande camada de ouro que iluminava todo o lugar.
Q´enqo possivelmente foi usado pelos incas como um centro de adoração; suas passagens, que se assemelham a um labirinto, têm em seus flancos vários canais em forma de Amarus (serpentes), pelos quais corria o sangue dos sacrifícios de animais - que geralmente eram os mais belos e únicos; talvez essa tenha sido a razão pela qual os animais negros eram os escolhidos. Alguns cronistas como Juan de Betanzos descrevem isso como "um ato selvagem cometido pelos incas para sacrificar não apenas animais, mas também recém-nascidos que possuíam beleza especial; de acordo com os incas, esses seres nasciam belos para se unirem aos deuses".
Q´enqo possui uma sala de sacrifício em uma de suas câmaras subterrâneas, onde se destaca uma grande rocha que, segundo os cronistas, era coberta de ouro. Na parte superior da câmara, pode-se ver um buraco, que ficava exatamente acima da referida rocha. A luz da lua penetrava por este buraco, irradiando através da camada de ouro e iluminando todo o local. Alguns historiadores afirmaram que em Q´enqo está o túmulo do Inca Pachacuteq, o mais importante de todos.